从生态环境角度考虑。要求育苗基质基本上不含活的病菌、虫卵，不含或尽量少含有害物质，基质，以防其随苗进入生长田后污染环境与食物链。为了符合这个标准，育苗基质应经发酵剂快速发酵，达到杀菌杀毒、去除虫卵的目的。
育苗基质应有与土壤相似的功能。从营养条件和生长环境方面来讲，基质比土壤更有利于植株生长。但它仍然需要有土壤的其他功能，如利于根系缠绕(以便起坨)和较好的保水性等。
国外已经开发了椰子纤维、树皮、锯木屑等有机基质，不但可以大幅度降低栽培成本，西瓜育苗基质，而且减少了对环境的污染。我国对基质研究起步较晚，黄瓜育苗基质，“就地取材、因地制宜研究与发展”已成共识，如长江以南加强对稻壳炭化后的合理使用研究；华北加强炉渣，并配合草炭、蛭石、锯末等材料混合使用的研究；东北加强对草炭、锯末等的研究；大西北则加强对砂培技术的研究等。
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